Vamp est mort, mais Otacon n'en n'est pas moins heureux. Naomi explique à Snake que Liquid est en dessous d'eux. Il a volé le Système des Patriotes, il a échappé à leur vigilance et pris leur arche, un navire de guerre sans aucune attache, ni loi, ni pays, ni réseau informatique. C'est le seul endroit où il est vraiment libéré des entraves des Patriotes et où il se sent libre :
Outer Haven. Liquid prévoit de lancer sa bombe depuis ce navire. Naomi rappelle à Snake que sa durée de vie a été allongée pour qu'il puisse atteindre l'objectif de sa vie. Quand tout ça sera fini, Snake n'aura pas d'autre choix que d'accepter la mort. On nous donne la vie que pour nous permettre d'expier nos pêchés. La vie de Snake a été créée dans ce but bien précis. Nous devons tous expier nos propres péchés, pour ne pas les transmettre à la génération suivante. Ne pas les leur laisser pour l'avenir. Naomi explique que c'est le destin de Snake, et qu'il ne peut pas le défier.
Profitant de l'inattention de Snake, et de Raiden, elle s'injecte le contenu d'une seringue sous les cris d'Otacon. Elle explique qu'elle est comme Vamp, un cadavre vivant dont le corps est tout juste tenu en vie par des nanomachines. Elle est atteinte d'un cancer et qu'elle ne devrait plus être en vie maintenant. Les nanomachines l'ont empêché de progresser. Mais elles ne peuvent plus agir maintenant.
Une fois les nanomachines parties, le temps reprendra son cours normal. La troisième injection sera fatale pour Naomi. Prise de douleur, elle adresse ses derniers mots de tendresse à Otacon...