Il est temps pour Snake et ses amis de partir avec Rex, car d'autres Gekkos kamikazes débarquent dans le hangar en ruine.
La sortie du hangar n'est pas de tout repos. Une centaine de Gekkos essaient de barrer le passage de REX, mais en vain. Pour faciliter la progression du REX, Raiden descend du Metal Gear pour couvrir ses arrières. Mais l'explosion des Gekkos kamikazes au sous-sol est si extraordinaire, que même REX est déséquilibré par le souffle. Mais Raiden est trop court. A deux pas de la sortie, L'effondrement, a bloqué Raiden sous les décombres. Soudain le bruit des vagues s'intensifie. D'une entrée magistrale, Liquid Ocelot apparaît subitement de l'océan à bord d'un Metal Gear Ray frappé d'Outer Haven.
Les deux Metal Gear, passé et présent, s'affrontent alors dans un combat sans merci. Rex est cependant le plus fort. Le combat fini, Ray est en bien mauvais état. Liquid Ocelot en sort péniblement sous l'oeil médusé de Snake blessé lui aussi. Quand Liquid redresse la tête vers Snake, ce dernier comprend que quelque chose ne va pas. FOXDIE ? C'est du moins ce que Liquid essaye de faire croire avec amusement à notre héros fatigué. A son tour Snake s'extirpe difficilement de la carcasse de REX pour en finir avec Liquid. Celui-ci avec un rire moqueur se met à fuir vers la digue. Snake est bien trop blessé pour pouvoir le suivre. C'est alors qu'apparaît le navire sous-marin de Liquid. Un énorme navire sort de l'océan, garni des quatre Snake, comme le Mont Rushmore avec ses présidents. Là, à son bord, est installé le canon à rampe de REX. Liquid veut faire de Snake la balise pour la tombe aquatique de Shadow Moses...