Mais d'autres Gekkos kamikazes viennent à la rescousse. Pris par le temps, Raiden s'occupe de Vamp qui l'invite dans un dernier combat à mort. Quant à Snake, il va devoir utiliser l'artillerie lourde pour se débarrasser des nouveaux venus et couvrir Otacon, toujours occupé à essayer de remettre REX en marche...
Au terme d'un combat acharné aux couteaux, Vamp est finalement vaincu. De son côté, Otacon réussi à mettre en route REX qui se débarrasse rapidement des Gekkos encore en vie. « Vamp n'était jamais immortel » déclare Naomi. Ses nanomachines amélioraient simplement ses aptitudes naturelles à la guérison. Vamp tend un bras vers Naomi lui suppliant de soulager sa douleur.
Mais Raiden l'interrompt pour transmettre un message de Sunny à Naomi : « Je les ai bien cuits ». La missive de la petite fille semble réjouir Naomi. Le regard vers le ciel, les larmes aux yeux, elle félicite Sunny qui « y est enfin arrivé ».
Une seringue à la main, Naomi refuse la requête de Vamp. Elle ne veut pas le sauver. Elle se retourne ver le Mk II, et elle demande à Otacon de lui faire confiance en lui demandant d'injecter le contenu de la seringue à Vamp. « Pas pour se venger, lui dit-elle, mais pour mettre un terme à sa souffrance ». Mais dans l'hésitation d'Otacon, Vamp s'empare de la seringue et s'inocule le produit. Dans la douleur, Naomi dit à Vamp qu'il peut désormais redevenir le vrai lui et partir en paix.