Drebin prend congé de Snake. Ce dernier, d'un pas pressé, entre enfin dans la dernière partie de la base, dans le haut fourneau de Shadow Moses. Telle une descente vers les enfers, les souvenirs plein la tête, Snake arrive enfin dans le vieux hangar souterrain qui abrite le REX abandonné. Mauvaise nouvelle, le canon à rampe a été retiré. Liquid n'a pas besoin de tout le REX pour lancer sa bombe, mais juste du canon à rampe. C'est alors que Vamp et Naomi apparaissent de nulle part. Vamp leur révèle que Liquid a déjà quitté l'île avec le canon à rampe. Bientôt les Gekkos kamikazes arriveront, et il ne restera plus rien de cet endroit. Par le biais du Mk II, Otacon demande à Snake un peu de temps afin de remettre en route REX pour pouvoir s'échapper du hangar.
C'est alors que Naomi laisse aller Vamp se débarrasser de Solid Snake dans un duel mortel. Mais Snake ne se laisse pas faire. Grâce à une prise de CQC, il injecte dans le coup de Vamp le contenu d'une des seringues que Naomi lui avait données en Amérique du Sud. Désormais, Vamp n'est plus qu'un simple mortel. Dans un vacarme assourdissant, les Gekkos kamikazes débarquent dans le hangar sous les yeux victorieux de Vamp. Alors qu'il ne reste plus que quelques secondes avant de les voir exploser, les Gekkos kamikazes sont littéralement coupé en deux. C'est Raiden, contre toute attente qui sauve une nouvelle fois Snake d'une mort certaine. Sunny lui a donné le feu vert. Il est prêt à se battre...