Y a pas vraiment besoin d'un "Palpatine". Palpatine appartient à l'histoire mais pas vraiment à la structure. Il est le Mal et le Mal se trouve être incarné en un seul personnage entre les deux trilogies, mais c'est parce que le scénario le veut. Il peut en être autrement.
L'histoire de Star Wars, c'est l'histoire d'un héros qui sauve le monde et qui sauve son père, et la rédemption dudit père, pour la trilogie. Celle de la prélogie, c'est le récit de la chute du père en question.
L'histoire de Metal Gear Solid 1, 2, 4, c'est l'histoire d'un monde en proie à un contrôle croissant et un héros qui sauve le monde et ce faisant, qui rachète les actions de son père qui, à la fin, reconnaît qu'il s'était fourvoyé et que Solid avait raison ; c'est sa rédemption, similaire à la fin de Darth Vader. L'histoire de Metal Gear Solid 3, PW, 5, c'est le passage de l'innocent Snake au "méchant" Big Boss ; c'est l'histoire de la chute.
C'est en cela qu'il y a un parallèle à faire à mon sens et on peut retrouver plein de "petits" parallèles plus ou moins anecdotiques (cette volonté d'expliquer la magie par la science, sous la forme de nanomachines et de midichloriens, en est un exemple) mais il ne me semble pas évident que ce soit plus que cela : des anecdotes, des accidents. Pas inintéressant mais loin d'être essentiels à cette comparaison.
Tenter de comparer les autres personnages est également probablement vain : la structure du récit est la même, cela ne veut pas dire qu'il y a identité dans les rapports entre les personnages. D'ailleurs, ce n'est pas vraiment une surprise que la structure soit facile à rapprocher : Lucas a étudié la mythologie et reprend largement la structure du
monomythe (l'article wikipédia est très succinct, mais flemme de chercher une explication plus détaillée) ; Kojima connaît très probablement cette théorie.
Donc voila, il y a un parallèle qui, personnellement, me semble évident sur la structure de l'histoire mais je ne pense pas qu'il soit nécessaire / utile / constructif de chercher "Qui est l'équivalent de Palpatine ?", parce qu'il n'y en a pas. Big Boss n'est pas Vader/Anakin Skywalker. Ils n'ont pas la même personnalité d'origine, ils ne cèdent pas au "mal" de la même manière, ils n'en reviennent pas de la même manière.
Précision : à moins de revirement de la part de Kojima, qui me décevrait grandement, l'épisode V est celui de la chute de MGS V. Je vais redire un peu ce que je disais en page 3.
D'abord, parce que cela correspond à la structure mentionnée précédemment et que Kojima est quelqu'un qui sait écrire des histoires. Ensuite, parce que Big Boss est effectivement l'antagoniste par la suite (MG1, MG2), même si ceux-ci sont vieux et sujets à retcon partiel puisqu'ils n'ont pas été écrits avec le reste de la saga en tête.
On pourrait du coup imaginer une solution de sortie pour Kojima, qui se rattacherait à l'anti-américanisme primaire qu'on lui prête parfois (largement à tort, à mon avis) : Big Boss n'a jamais été méchant, tout ça en fait c'était une manipulation d'opinion, il a toujours servi ses idéaux, blablabla.
Sauf que non : MGS 4 donne la conclusion de l'histoire et montre Big Boss qui reconnaît qu'il s'est fourvoyé, qu'il a mal compris les paroles de The Boss et que c'est Solid qui avait raison - et donc qu'il avait tort. C'est sa rédemption et il reconnaît qu'il avait tort : on ne peut donc pas nous raconter qu'en fait, tout était une manipulation puisque cela ôterait tout sens à cette conclusion. Si, en effet, il n'avait jamais eu tort, pourquoi le confesserait-il à son fils, juste avant de mourir ? Cela n'aurait aucun sens.
Donc pour moi, MGS V sera le récit de cette chute ; il doit l'être et je serai excessivement déçu si Kojima refuse de faire de son Big Boss ultra-populaire le "bad guy" et modifie tout le reste de l'histoire pour ne pas déplaire.
Mais j'ai bon espoir : la corne de démon, le "Punished Snake", le thème général et l'ambiance des trailers semble indiquer qu'effectivement, Kojima sait où il va et s'apprête à raconter sa version de Revenge of the Sith.