Et puis, elle avait fort à faire dans le futur Metal Gear Solid 3. C'est Silicon Knights, une boîte canadienne qui s'en est chargée sous la houlette de Denis Dyack et du réalisateur Ryuhei Kitamura (Versus).
En 2004, alors qu'il avait annoncé le contraire, Kojima San dirige finalement le tant attendu Metal Gear Solid 3 Snake Eater et en 2005, sa version finale : Metal Gear Solid 3 Subsistence. Pour cette dernière version, pas moins de 3 DVD composent le titre. A noter que pour la première fois, la caméra devient mobile rendant le jeu encore plus immersif. Autre nouveauté de taille, Metal Gear Solid devient aussi jouable en ligne. Et enfin, pour cette occasion, les deux premiers épisodes de Metal Gear sortis sur MSX sont également disponibles et traduit en français et ce, pour la première fois.
Premier avril 2005, Kojima fonde sa propre boite de production Kojima Productions, qui reste toutefois une division de Konami. Hideo Kojima peut ainsi superviser plus facilement la qualité de ses productions.
En 2006, sort la BD interactive du premier MGS : Metal Gear Solid Digital Graphic Novel. Au pinceau, Ashley Wood que l'on retrouve quelques mois plus tard dans un autre épisode très attendu. En effet, Kojima produit le premier véritable épisode sur portable de la série sur PSP : Metal Gear Solid Portable Ops est la suite directe de Metal Gear Solid 3 Snake Eater, mettant en scène Big Boss. Le jeu se veut encore plus stratégique et se joue également en ligne.
En effet, en 2004 et 2005, la PSP accueille Metal Gear Ac!d 1 et 2. Le véritable concept de Metal Gear n'est absolument pas présent dans ces épisodes quelques peu décevants. Il ne s'agit en fait que d'un jeu de carte aléatoire. C'est pourquoi, je ne m'étends pas sur le sujet.
2007, Kojima produit la suite de Boktai : Lunar Knights sur Nintendo DS. Ce petit jeu de rôle perd le capteur solaire. Il n'en n'est pas moins intéressant.