En 1988, Snatcher voit le jour. Il s'agit d'un jeu d'aventure pour PC Engine, Mega CD et MSX. Le héro de cette aventure est Gillian Seed, un amnésique qui souhaite par-dessus tout retrouver la mémoire. Son histoire prend place en 2047. Gillian va combattre des Snatchers, sorte de Terminator, qui menace l'espèce humaine. Snatcher est un jeu purement graphique, qui alterne images fixes, animations et textes. Le concept peut être assez rebutant pour certain joueur.
1990 voit venir la sortie de Metal Gear 2 Solid Snake. Le premier jeu ayant eu un énorme succès, Kojima se devait de faire une suite. Le scénario est toujours aussi important et le gameplay intéressant...
Quatre ans plus tard, on est en 1994, Kojima planifie et dirige Policenauts suite de Snatcher pour Mega CD, PC Engine et PlayStation (seulement au japon). Le héro de cette histoire est un ancien Policenauts, Jonathan Ingram, qui a été retrouvé dans l'espace dans un état parfaitement conservé. Il devient détective, le menant ainsi sur une bien étrange enquête, dernière volonté de sa défunte ex-femme, morte devant lui.
A l'instar de Snatcher, c'est toujours un titre qui alterne images fixes et animation. Mais beaucoup plus beau, normal vu les 6 ans qui séparent les deux titres.
Kojima est aussi connu au Japon pour des jeux étonnant. 1997, Tokimeki Memorial Drama Series est une série de jeu de simulation de drague très prisée au pays du soleil levant. Cependant, Kojima ne fait que superviser cette licence. Deux titres à ce jour : Niji-iro No Seishun pour PlayStation et Sega Saturn, et sa suite, en 1998 : Irodori No Love Song.
C'est en 1998 qu'Hideo Kojima va connaître le succès international avec le fameux Metal Gear Solid sur PlayStation. Beaucoup le considère comme le meilleur épisode de la série, tant les rebondissements sont importants. En effet, il est rare de voir un jeu avec un scénario si riche et des personnages autant charismatique. Le jeu s'est vendu aujourd'hui à plus de 6 millions d'exemplaires, sans compter son remake sur GameCube, sorti 5 ans plus tard. Chaque niveau du jeu a été construit en Lego, afin de placer les caméras au bon endroit. Ce souci du détail va devenir la marque de fabrique de Kojima et de son équipe.