A bord, Otacon explique à Snake que le programme de Sunny, a détruit le cerveau de JD, mais a laissé le tronc cérébral intact. Elle a analysé la boite noire de Naomi et séparé le système de contrôle des Patriotes des composantes vitales de la société. L'eau, l'électricité, la nourriture, la médecine, les communications, les transports. Elle a stoppé le contrôle des Patriotes tout en préservant notre civilisation moderne. C'est peut-être sa façon à elle de venger sa mère Olga. Ou elle voulait peut-être façonner le futur à sa propre image idéale. Ou ce n'était peut-être qu'une grande défragmentation. FOXALIVE, cette IA est vraiment vivante. Le règne des Patriotes a connu un lent déclin. Et ironiquement, notre civilisation qui s'épanouissait grâce aux guerres continue à vivre. Otacon se demande s'ils ont fait le bon choix.