Sur le pont, les préparatifs vont bon train. Snake et Otacon ont la surprise d'y voir Drebin. Ce dernier explique qu'il est là pour aider Snake. Les affaires marchent moins biens depuis que Liquid contrôle le Système. Comme toutes les armes dans le monde sont verrouillées, les seuls à vouloir se battre aujourd'hui se trouvent sur le Missouri. Drebin a blanchi les ID des soldats présents sur le Missouri et leur a donné de nouvelles armes sans ID, y compris les catapultes sur lesquelles Snake, Meryl et Johnny vont monter pour s'introduire dans le navire de Liquid.
Bientôt, Haven va émerger. L'heure est venue pour Snake, Meryl et Johnny de s'installer sur les catapultes. Au Codec, Campbell leur donne ses dernières recommandations. Le navire de Liquid, Outer Haven, est une version modifiée d'un modèle
Arsenal Gear qu'il a volé aux Patriotes. L'intérieur est truffé d'Irving et d'autres robots armés. Selon les données de Naomi, l'équipage du Haven est composé d'un bataillon de soldats améliorés choisi parmi les élites des PMCs. Si Liquid réussi à détruire JD et à contrôler le Système des Patriotes, il fera de Haven son vaisseau amiral et ses PMCs se déploieront dans le monde entier. Et alors la domination armée de la Terre commencera.
Alors que le Haven vient à l'instant d'émerger, le Missouri fonce droit vers le navire de Liquid. Campbell s'adresse à Meryl et lui dit qu'elle est sa plus grande fierté, quoi qu'il se passe. Le Missouri arrive à la hauteur du Haven avec le capot blindé ouvert laissant à découvert le canon à rampe de REX. Il est temps pour l'équipe de frappe de se catapulter. Si Snake et Meryl arrive à destination, ce n'est pas le cas d'Akiba qui percute la coque du Haven et chute dans l'océan...