L'histoire de Metal Gear Solid 4 : Guns of the Patriots

Snake se retrouve sur l'île de Shadow Moses balayée par une forte tempête de neige. La redécouverte de la base est une succession de souvenirs qui ne laissent pas Snake indifférent. La base n'est plus gardée par des soldats. Les redoutables Gekkos, grands et petits sécurisent la base au profit de Liquid Ocelot.
Aidé de son ami Otacon via un nouveau petit robot Mk II, Snake doit faire un détour dans l'ancien labo du scientifique. Le lieu où les deux amis se sont rencontrés pour la première fois. C'est là que Snake a sauvé la vie d'Otacon des mains de Frank Jaeger. Snake culpabilise toujours de cette époque où Naomi haïssait les responsables de ce qu'était devenu son frère, et notamment à Snake qui a mutilé Frank en premier. Otacon aussi, pour avoir développer REX. Mais Snake et Otacon ne comprennent pas pourquoi Naomi les a trahi. Si c'était pour voler le sang de Snake, tout cela aurait dû être terminé en Amérique du Sud. Pourquoi les a t-elle rejoint après ? Ils sont venus la sauver et après, inexplicablement, elle leur a tourné le dos et elle est retournée voir Liquid. Pourquoi a-t-elle fait ça ? Otacon apprend à Snake que Naomi est d'ailleurs sur l'île avec Vamp, non loin du vieux hangar souterrain de REX. Rapidement, Snake continue sa route vers le champ de neige où se trouvent les deux tours de communications.

La traversée du champ ne lui est pas de tout repos. Crying Wolf, la troisième B&B, l'attend de pied ferme, bien décidée à se débarrasser de Snake. Mais encore une fois, et à contre coeur, Snake en vient à bout. Très vite, l'appel de Drebin permet à Snake d'en savoir un peu plus sur la belle.