Point d’origine de toute la saga, la création des Philosophes eut vraisemblablement lieu au début du 20ème siècle.
Il s’agissait d’une organisation comprenant quelques éminentes personnalités des trois puissances qui allaient dominer le siècle : les Etats-Unis, la Russie et la Chine.
Ensemble, elles réunirent une fantastique somme d’argent, l’Héritage des Philosophes, un fonds pratiquement inépuisable, mis au service d’un idéal de maintien de la paix.
Ceci dit, avec le temps et la mort des membres originaires, la raison d’être de ce comité se perdit petit à petit et ne passa pas à la postérité.
Dans la confusion consécutive à la deuxième guerre mondiale, c’est finalement l’URSS qui récupéra l’Héritage, et plus précisément le colonel Volgin.

L’essentiel du scénario de Metal Gear Solid 3 (le premier épisode dans la chronologie de la saga) narre d’ailleurs le combat des trois pays qui avaient constitué l’Héritage pour mettre la main dessus.
Sortis de la deuxième guerre mondiale comme les deux superpuissances incontestables, les Etats-Unis et l’URSS connaissent dans les quarante années suivantes une étrange période de leur histoire dans laquelle ils ne s’affrontent que passivement ou indirectement.
Mutuellement neutralisés par leur force de frappe nucléaire démesurée, les deux pays luttent sur des terrains alternatifs pour prendre le dessus : la recherche scientifique, la conquête de l’espace, la propagation de leur doctrine respective (capitalisme et socialisme), l’installation de bases aux abords des territoires adverses...
Dans les moments de tension extrême, les deux puissances sont aux portes du déclenchement d’une guerre colossale.
C’est dans ce contexte de menace omniprésente d’une guerre d’une violence sans précédent que commence l’aventure de Metal Gear Solid 3.

Un agent (Naked Snake) est envoyé par les services secrets américains en territoire soviétique pour rapatrier un scientifique (Sokolov) sur le point de finaliser une nouvelle arme de guerre dévastatrice, susceptible de faire basculer l’équilibre qui maintient le monde dans une sécurité relative.
Pour mener à bien sa mission, Naked Snake est soutenu à distance par une équipe constituée de Major Zero, d’une conseillère médicale, Para-Medic, d’un expert en technologie et en renseignement, Sigint, ainsi que de celle qui a été son mentor et qui force l’admiration du monde entier, The Boss.

Maître dans l’art du camouflage et de la survie, Naked Snake parvient à s’immiscer dans la base ennemie et à enlever Sokolov.
Sur le chemin du retour, il croise The Boss, qui contre toute attente est passée dans le camp adverse en s’associant au colonel Volgin.
Ce dernier compte renverser le régime soviétique de Khrouchtchev avec le soutien de Brejnev : l’intention ultime de Volgin n’est autre que de permettre à l’URSS de remporter la guerre froide en se servant de l’arme conçue par Sokolov.
Disposant de l’Héritage des Philosophes, Volgin s’est entouré d’Ocelot, un jeune prodige de l’armée russe, mais surtout de The Boss qui lui a offert comme cadeau d’arrivée et gage de confiance deux têtes nucléaires portatives.
Dans un combat inégal, The Boss blesse grièvement Naked Snake et le laisse pour mort. Volgin et ses alliés repartent alors avec Sokolov afin de le forcer à terminer son invention, le Shagohod.
Agonisant, Naked Snake assiste à l’explosion du centre de recherche : Volgin s’est servi d’une des deux têtes nucléaires.

L’heure est alors au bilan. Naked Snake est en convalescence à l’hôpital pendant que le président des Etats-Unis reçoit un appel de Khrouchtchev.
L’explosion du centre ayant été causée par une ogive d’origine américaine, il exige que les Etats-Unis prouvent leur innocence et, de surcroît, éliminent Volgin, son ennemi juré au sein même de l’URSS.
Major Zero et Naked Snake obtiennent ainsi une chance de se racheter, et par la même occasion d’éviter une crise mondiale majeure.
L’objectif de leur mission consiste à récupérer Sokolov tout en élimimant le Shagohod et la responsable apparente de la situation : The Boss.

Naked Snake est donc renvoyé en territoire soviétique, où il pourra compter sur l’aide de deux espions locaux, Adam et Eva.
A son arrivée, il ne répère qu’Eva - aucune trace d’Adam. Taupe infiltrée dans l’entourage direct de Volgin, elle lui apprend où Sokolov est détenu.
Une fois sur place, Naked Snake entreprend de faire exploser les réservoirs de fioul proches du Shagohod afin de détruire cette arme.
Mais ce n’est finalement qu’au terme d’une course folle à moto que Snake et Eva parviennent à se défaire du colonel Volgin et du Shagohod.
Une dernière tache attend alors Naked Snake : pour accomplir sa mission, il doit vaincre son mentor, sa mère spirituelle, The Boss.
Celle-ci passe en revue sa vie et les nombreux sacrifices qu’elle a dû faire pour sa patrie en tant que soldat. Naked Snake se bat cette fois sans retenue et le duel tourne à sa faveur : la guerrière déchue lui remet le microfilm contenant les codes d’accès à l’Héritage des Philosophes avant de périr.
Il s’échappe ensuite à bord de l’hydravion en compagnie d’Eva. Celle-ci s’empare du microfilm pendant son sommeil et lui apprend qu’elle travaillait en fait pour le compte de la Chine : elle sa battait pour que son pays ait sa part de l’Héritage des Philosophes.

Les dernières minutes du jeu donnent des réponses a bien des énigmes. On y apprend que la trahison de The Boss n’était en fait qu’une immense tromperie destinée à lui permettre de s’approcher de Volgin et à récupérer l’Héritage des Philosophes.
Son ultime mission consistait à se couvrir de honte et à périr des mains mêmes de son apprenti pour que les soviétiques croient au stratagème.
Pour avoir tué The Boss, Naked Snake obtient le rang de légende vivante, Big Boss, et va se voir confier le commandement de l’unité FOXHOUND.
Eva n’était pas la seule à mener un triple jeu (auprès de Volgin, de Naked Snake et de la Chine), Ocelot en faisait tout autant : contrairement aux apparences, il agissait pour le compte des Etats-Unis au détriment de la faction de Khrouchtchev et de celle de Brejnev.
Le microfilm qu’il a laissé à Eva n’était qu’un faux, ce qui signifie que ce sont les Américains qui vont profiter de l’original.

L’histoire de Metal Gear Solid 3 est donc celle d’un gigantesque coup monté par les Américains pour remettre la main sur l’Héritage des Philosophes que Volgin s’était approprié.
The Boss prétend ainsi changer de camp afin d’approcher Volgin et lui apporte Sokolov ainsi que deux têtes nucléaires en gage de sa bonne foi.
Le fait que Volgin se serve d’une des ses bombes pour annihiler le centre de recherche de Sokolov oblige les Etats-Unis à renvoyer Naked Snake sur place.
Ocelot, agent triple des Américains (et accessoirement fils naturel de The Boss), est le contact que Naked Snake doit retrouver (Adam), mais il ne dévoile pas son jeu et laisse une espionne chinoise se faire passer pour la seconde taupe américaine (Eva).
Cette dernière, infiltrée dans l’entourage de Volgin, aide Naked Snake dans le but de s’emparer de l’Héritage des Philosophes et d’en faire bénéficier son pays (la Chine).
Volgin comptait sur la défection de The Boss pour récupérer Sokolov et le Shagohod, et ainsi avoir les atouts en mains pour renverser Khrouchtchev à la tête de l’URSS.
Il s’est malheureusement pour lui entouré exclusivement d’ennemis : The Boss et Ocelot sont à la solde des Etats-Unis, et Eva de la Chine ; Sokolov préférerait quant à lui mourir que voir son arme dans les mains du colonel Volgin.
Tout au long de l’intrigue, The Boss et son fils Ocelot laissent chacun les évènements se dérouler, parfaitement conscients du rôle de chaque protagoniste.
The Boss « protège » ainsi Naked Snake, car c’est lui qu’elle a désigné pour prendre sa succession. Ocelot veille de son côté à ce que le Shagohod et Volgin soient éliminés tout en récupérant l’Héritage des Philosophes.
Il satisfait ainsi les exigences de Khrouchtchev (Volgin est mort), celles de Brejnev (Khrouchtchev sort affaibli de la crise à l’intérieur de l’URSS), et surtout celles des Etats-Unis (qui récupèrent l’Héritage des Philosophes et sortent « lavés » de la crise).
The Boss est sans doute celle qui savait le mieux ce que lui réservait cette affaire. Elle a choisi et accepté par pur patriotisme de mourir pour son pays en se faisant passer pour une traîtresse aux yeux du monde entier.
Naked Snake comprend son geste et l’étendue de son sacrifice à la fin de l’aventure. Sa désillusion est d’autant plus grande qu’il est élevé au rang de Big Boss par ses supérieurs, reprenant le rôle qui s’avéra fatal à celle qu’il chérissait plus que tout.

Mais tel est le prix de l’idéal de The Boss, tel est le coût de son engagement. Elle est prête à mourir pour la voie qu’elle a choisi en toute liberté, voie qui est sa liberté au sens le plus actif du terme : l’amour et la loyauté envers son pays, le patriotisme.
Et c’est précisément cet idéal qui va conduire à la naissance des fameux « Patriotes».