Il est enfermé pour l'éternité dans une prison de mort cérébrale. Pour lier son ami et assurer sa domination du monde. Zero a transformé Big Boss en icône, ni vivante ni morte.
Ocelot et Eva ont donc prévu de libérer Big Boss de la prison de Zero. Ils ont engagé Naomi Hunter, une spécialiste des nanomachines dans leur organisation. Ils se sont servis de Frank Jaeger pour tuer le docteur Clark. Ocelot a torturé à mort le chef du DARPA : Donald Anderson, aussi connu sous le nom de Sigint. Et il a fait passer tout cela comme un accident. Une fois Para-Medic et Sigint décédé, Zero était le dernier en vie. Mais eux aussi ont payé pour cela. Eva perdit Ocelot. Il ne se battait ni pour le Pentagone, ni pour les Russes, et certainement pas pour Zero. Il se battait pour Big Boss, qu'il idolâtrait. Lorsque Ocelot s'est greffé le bras droit de Liquid avec le sien, son propre corps a été submergé par les pensées et l'esprit de Liquid. Si c'est Ocelot sous forme physique, son esprit est celui de Liquid. Eva était donc la dernière pour contrecarrer les plans de Zero. Enfin, jusqu'à ce qu'apparaisse Raiden. C'est quand elle l'a rencontré, qu'elle a enfin découvert où se trouvait Big Boss. C'était dans les données qu'il avait obtenues du GW. Ensemble, Eva et Raiden ont retrouvé Big Boss. Mais Big Boss était toujours endormi lorsque Zero l'a laissé. Zero l'al laissé en vie parce que les gens adorent les légendes. Il voulait créer un messie, un héros qui n'allait jamais mourir.
Après toutes ces explications, Big Mama montre à Snake le corps de Big Boss caché à l'arrière d'une camionnette qui lui sert ce ciboire. Son corps est vivant mais sa conscience est verrouillée par les nanomachines. Techniquement, ce n'est pas une mort cérébrale. Eva explique à Snake qu'il ne faut en aucun cas laisser Liquid hériter des même pêchés qui ont corrompu Zero et manipuler les esprits des gens pour satisfaire son ego.