L'histoire de Metal Gear Solid 4 : Guns of the Patriots

Dans leur combat, il ne restait rien de la volonté noble de The Boss. Plus que la haine, une bataille pour se détruire l'un l'autre. Big Boss est rentré aux Etats Unis avec un objectif en tête, et il a repris les commandes de FOXHOUND. A Outer Heaven et à Zanzibar Land, Big Boss avait organisé plusieurs coups d'état contre Zero. Mais Solid Snake, son propre clone, a contrecarré ses plans à chaque fois. Big Boss et Gray Fox (alias Frank Jaeger) ont été laissés comme morts. Zero a récupéré leurs corps. Le corps de Frank Jaeger a été entièrement reconstitué par la chirurgie, pour renaître en tant que le Ninja Cyborg. Big Boss est maintenant un légume, prisonnier de Zero, même dans la mort. Pour Zero, plus que quiconque, Big Boss était une icône irremplaçable, ou plutôt, un ami irremplaçable. Après la trahison de Big Boss, Zero ne croyait plus en quelque chose de si certain que la vie. Il ne croyait plus en rien : ni nation, ni organisation ou individu. Zero ne voulait plus mettre son organisation entre les mains de la génération suivante. Il a donc créé un réseau d'IA. Un système décisionnel formé à partir de toutes les informations qu'il avait cumulées. Il a construit quatre IA : GW, TJ, AL et TR. Un genre de Mont Rushmore informatisé. Et une intelligence artificielle centrale pour les unifier : John Doe.

Depuis que le GW a été arrêté, JD et les trois autres IA ont contrôlé toutes les informations sur chaque aspect de la société dans le monde : économie, politique, lois, morale, culture. L'économie de guerre ne fait pas exception. A l'ombre de ce Système et de son contrôle total du monde, Big Boss n'a pas le droit de vivre ou de mourir.