James Johnson a succédé à George Sears au poste de Président des Etats-Unis. Lors d'une visite de la Big Shell, il est victime d'une prise d'otages. En fait, sa présence sur les lieux n'est pas une simple coïncidence : terroristes ont besoin de lui pour lancer une attaque nucléaire. C'est le Président qui informe Raiden de l'existence des Patriotes, une organisation secrète qui tire les ficelles du pouvoir, sans que personne ne le sache.
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