Dans le couloir, Snake descend péniblement les escaliers. Devant lui se trouve enfin la porte du couloir à micro-onde. A son ouverture, la chaleur frappe de plein fouet le visage de Snake. La course contre la montre a déjà commencée. Snake pénètre dans le couloir saturé de micro-onde. Plus il y restera longtemps, plus il subira des dommages. Dehors, le Haven et le Missouri déploient leurs forces. Un Metal Gear Ray vient à l'instant d'aborder le Missouri. La bataille fait rage. Tout comme dans la salle de commandement, où Meryl et Akiba se battent toujours pour couvrir Snake. Dehors, le canon à rampe s'élève vers le ciel, il est prêt à tirer. Snake continue de marcher vers la salle des serveurs, mais sa combinaison commence à fondre sous la force des micro-ondes. A deux pas de là, Raiden donne tout ce qu'il a pour se défendre face aux Frogs de plus en plus nombreux. Snake chute.
Alors qu'Otacon le pousse à avancer par Codec, le Missouri se fait envahir par une armée de Gekkos nains. Un second Ray vient porter assistance aux petits robots. Mais Snake continue. Du bout des doigts, il se cramponne sur le sol et avance avec difficulté. A bout de force, Snake parvient enfin dans la salle des serveurs.
Otacon prends les opérations en mains. Avec le Mk II, il injecte le ver de Naomi et de Sunny dans GW. Mais l'opération prend un peu de temps, et des Gekkos nains débarquent dans la salle pour l'en empêcher. Fatigué et un peu forcé, Snake trouve encore la force de protéger le Mk II. Au même moment, tout près de là, Raiden est touché, transpercé par les lames des Frogs. L'avenir n'est pas plus rose pour le couple dans la salle des commandes. Leur dernier chargeur se vide rapidement. Et dehors, le Missouri subit la dernière attaque du Metal Gear Ray.