L'histoire de Metal Gear Solid 4 : Guns of the Patriots

Mais à l'arrêt du Système, une foule de sentiments telles que la douleur, la colère la tristesse, tous les traumatismes, le stress, les regrets, la haines, la culpabilité, toutes ces sensations jusqu'ici réprimées ont été libérées dans leur coeur. Contrairement à leur sens, leur mémoire n'a pas été effacée. Chaque soldat ennemi qu'ils avaient tué, chaque camarade perdu, chaque bévue contre des civils innocents, chaque acte de violence commis était gravé à tout jamais dans leur coeur. En inhibant leurs âmes, les nanomachines placèrent un fardeau sur leurs coeurs. Le corps de l'utilisateur rejette les nanomachines et cette réaction doit être inhibée par des médicaments. Avant que l'utilisateur le sache, son esprit est entièrement brouillé. Les pêchés de la guerre des soldats sont revenus les hanter sous la forme d'une extraordinaire commotion. Si le sens et le Système ont changé, ce n'est pas le cas du champ de bataille. En d'autre mot, la guerre leur faisait l'effet d'un jeu, et soudainement, la réalité s'est imposée violemment.

Les nanomachines de Snake, eux, sont issues de la 1ère génération. Elles sont rechargées par sa chaleur corporelle. Ce qui fait qu'elles fonctionneront toujours jusqu'à leur extraction, ou à la mort de Snake. Depuis neuf ans, Snake en a perdu beaucoup par excrétion ou saignement, mais 30% sont encore fixées à ses cellules. Ses nanomachines ancienne génération n'a jamais eu d'enregistrement ID et ne réagissent donc pas comme les nanomachines SOP. L'hypothèse qu'elles interfèrent avec le corps et le coeur de Snake est dans le domaine du possible. Cependant, le vieillissement accéléré de Snake n'a aucun rapport avec les nanomachines, ni avec le virus FOXDIE. Naomi apprend à Snake que ses télomères ont délibérément été créés court, sans se soucier de l'âge de l'original. L'un des gènes qui inhibe la reproduction et le vieillissement, le gène Klotho, a lui aussi été délibérément muté. Mais le plus important c'est que ses chromosomes ainsi que ceux de Liquid ont reçu des gènes terminateurs pour empêcher de faire des copies. En d'autres mots, Snake et Liquid sont des clones créés dans un seul but : la guerre.