On apprend donc que Miller est un agent double qui bosse pour les patriots mais qu'il n'est intéressé que par l'aspect business des MSF et que sa loyauté ne va ni réellement Big Boss, ni à Zero, ça remet un peu en question le début de Ground zeroes. Est-ce qu'envoyer Big Boss en mission à Cuba pendant que les XOF et le brûlé se dirigent vers la mother-base n'est pas simplement une technique pour que les patriots et Miller prennent complètement le contrôle de la base (dont les plans serviront aux patriots pour la big-shell), de Metal Gear et des MSF ? Avec Miller qui restera dans l'ombre ou officiellement en charge du truc.
D'où mon hypothèse suivante : les MSF deviennent des mercenaires de la CIA/Patriots, on connait par exemple le rôle de ces mercenaires, déguisés en rebelles, qui ont mené une tentative de coup d'état au Nicaragua dans les années 70-80, les contras. (comme en Syrie aujourd'hui) On sait que Miller parle de l'Angola aussi.
Big Boss, découvrant la trahison, isolé de son armée et de sa base s’exile en Afrique pour essayer de découvrir ce qui s'y passe et se retrouve à lutter contre les MSF/XOF, fonde ou rejoint les Diamond Dogs et détruit le Metal Gear Zeke (Après tout, ils n'existent plus par la suite et il faudra bien justifier leur disparition.) Ça amènerait peut-être Big Boss à capturer et recruiter les anciens MSF toujours loyaux envers lui et à fonder Outer Heaven.
Je pense que cette théorie se tient et serait assez logique avec la timeline de la série.